El papa Juan Pablo II pidió perdón por los errores que hubieran cometido los hombres de la Iglesia a lo largo de la historia, así como por haber dejado de hacer el bien necesario en favor de judíos y otras minorías perseguidas. En una carta enviada a los cardenales católicos, el papa Juan Pablo II exhortó a la Iglesia a reconocer los errores cometidos “por sus hombres, en su nombre”, y les anima a arrepentirse. En el caso de Galileo propuso una revisión en 1979, pero la comisión que nombró al efecto en 1981 y que dio por concluidos sus trabajos en 1992, repitió una vez más la tesis de que Galileo carecía de argumentos científicos para demostrar el heliocentrismo en la época en que fue publicado originalmente y sostuvo la inocencia de la Iglesia como institución y la obligación de Galileo de prestarle obediencia y reconocer su magisterio, justificando la condena y evitando una rehabilitación plena.[cita requerida] A veces se ha sacado de contexto lo que el propio cardenal Ratzinger, prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe, expresó en 1990, citando al filósofo agnóstico Feyerabend: «En la época de Galileo la Iglesia fue mucho más fiel a la razón que el propio Galileo. El proceso contra Galileo fue razonable y justo».